متاسفانه در طول سال ها به دلیل عدم توجه کافی، قسمت اعظم ساختمان های این پایگاه یا تخریب شده بود یا در حال تخریب بود و نیاز به مرمت و بازسازی داشت.

شکل زیر- ساختمان های ویران شده یا در حال تخریب پایگاه در سال 1389

دور جدید فعالیت های تحقیقانی به محوریت پایگاه از سال 1389 آغاز شد و تیم های تحقیقاتی سالانه 2 تا 3 ماموریت میدانی را به محوریت پایگاه آغاز نمودند.در سال 1389، طی تفاهمنامه بین انستیتو پاستور ایران، مرکز مدیریت بیماری های واگیر و دانشگاه علوم پزشکی همدان، فاز جدیدی از فعالیت های تحقیقاتی این پایگاه شکل گرفت که حاصل تحقیقات صورت گرفته طی این مدت، گزارش مجدد بیماری هایی نظیر طاعون، تولارمی و تب کیو بعد از ده ها سال عدم گزارش این بیماری ها در جوندگان و حیات وحش بود و سیستم مراقبت از این بیماری ها در نظام مراقبت از بیماری های کشور مجددا شکل گرفت. با پی گیری های بعمل آمده، در 23 اردیبهشت ماه 1391، کلنگ احداث ساختمان های جدید پایگاه و مرمت و بازسازی ساختمان های قدیمی به زمین زده شد.

شکل زیر- دکتر سید مصطفی پورتقوا، رییس اسبق انستیتو پاستور ایران در مراسم کلنگ زنی ساختمان های جدید پایگاه، اردیبهشت ماه 1391

با استفاده از منابع مالی دولتی و خیری جذب شده، در برنامه های توسعه ای پایگاه اکنلو، مرمت 280 مترمربع ساختمان های قدیمی انجام شد و توسعه فیزیکی آزمایشگاه‌ها و ساختمان های جدید با متراژ حدود 340 مترمربع به پایان رسید.

شکل زیر- مراحل مرمت ساختمان های قدیمی و توسعه فیزیکی آزمایشگاه‌ها و ساختمان های جدید در سال 1391 در مدت حدود 6 ماه انجام شد.

با شروع مرمت و بازسازی ساختمان های پایگاه و فعالیت مجدد رسمی آن، در سال 1391، حدود 1500 متر مربع زمین در ضلع غربی روستا توسط شورای روستا به پایگاه اهدا شد که دیوارچینی آن انجام شد.با پی گیری های بعمل آمده و متعاقب احیای دوباره پایگاه، با همکاری استانداری و فرمانداری شهرستان، پایگاه تحقیقاتی بیماری های نوپدید و بازپدید در طرح توسعه ای روستا (طرح هادی) قرار گرفت، به روستای اکنلو اینترنت پرسرعت تعلق گرفت و با زیر سازی و محوطه سازی جاده روستا، دسترسی به پایگاه به راحتی مقدور شد.آزمایشگاه سرولوژی، آزمایشگاه مولکولی، آزمایشگاه کشت، آزمایشگاه جونده‌شناسی، سالن جلسات، کلاس درس، میهمان‌سرا (با ظرفیت پذیرش 40 نفر در 9 سوئیت)، رستوران، آشپزخانه، خانه سرایداری و موزه سلامت، از فضاهایی است که در فاز جدید فعالیت های توسعه ای پایگاه به فضاهای قبلی اضافه شد. در خردادماه 1392، دور جدید فعالیت های پایگاه با حضور رئیس، تعدادی از اعضای هیات امنا، مدیران ارشد، تعدادی از همکاران هیات علمی و غیر هیات علمی انستیتو پاستور ایران و مدیران و کارشناسان مسوول معاونت های بهداشتی، تحقیقات و فناوری و پشتیبانی وزارت بهداشت، هیات رئیسه دانشگاه علوم پزشکی همدان، رییس، مدیران و کارشناسان ارشد مرکز مدیریت بیماری های واگیر، معاونین بهداشتی 5 دانشگاه علوم پزشکی غرب کشور و مدیران ارشد بهداشتی و اعضای هیات علمی 10 دانشگاه علوم پزشکی کشور، رییس مرکز همکار سازمان بهداشت جهانی در حوزه طاعون از انستیتو پاستور ماداگاسکار، معاون سازمان دامپزشکی کشور، مدیر بیماری های سازمان حفاظت محیط زیست، مدیر پژوهش موسسه واکسن و سرم سازی رازی، اعضای هیات علمی دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی تهران، امام جمعه و فرماندار شهرستان کبودرآهنگ و مسوولان محلی و فرزندان رییس اسبق انستیتو پاستور ایران و پایه گذار پایگاه (رمی و سوزان بالتازار) آغاز شد.

شکل زیر- افتتاحیه دور جدید فعالیت های پایگاه در خرداد ماه 1392 با حضور مقامات کشوری و فرزندان دکتر بالتازار

شکل زیر- نمای بیرونی ساختمان های پایگاه

شکل زیر - پایگاه از نمای دور، 1342 و 1392

دکتر مارسل بالتازار، دکتر منصور شمسا، دکتر محمود بهمنیار، دکتر یونس کریمی، دکتر بیوک سیدیان، دکتر گزاویه میزون و آقای محمد حنیفی از متخصصان و کارشناسان این پایگاه تحقیقاتی در سالیان گذشته و منوچهر قراگزلو و حاج حسین حیدری از خیرین پایگاه بودند که در بازسازی پایگاه، نام آن ها بر ساختمان های مختلف پایگاه گذاشته شده است.