این آزمایشگاه از آذرماه 1393، آزمایشگاه مرجع کشوری طاعون، تولارمی و تب کیو می باشد. دامنه فعالیت این آزمایشگاه به شرح زیر می باشد:

• انجام آزمایشات مربوط به باکتریYersinia pestis شامل تست های سرولوژیک (رپید تست و الایزا)، کشت (در صورت لزوم) و تشخیص مولکولی بر اساس Real time PCR جهت تشخیص و تایید بیماری طاعون و همچنین پایش های اپیدمیولوژیک محلی، منطقه ای و ملی.
• انجام آزمایشات مربوط به باکتریFrancisella tularensis   شامل تست های سرولوژیک (رپید تست و الایزا)، کشت (در صورت لزوم) و تشخیص مولکولی بر اساس Real time PCR جهت تشخیص و تایید بیماری تولارمی و همچنین پایش های اپیدمیولوژیک محلی، منطقه ای و ملی.
•  انجام آزمایشات مربوط به باکتریCoxiella burnetii  شامل تست های سرولوژیک (الایزا و ایمنوفلورسانس)، کشت (در صورت لزوم) و تشخیص مولکولی بر اساس Conventional PCR جهت تشخیص و تایید بیماری تب کیو و همچنین پایش های اپیدمیولوژیک محلی، منطقه ای و ملی.
• تکمیل و توسعه روش های تشخیصی فوق الذکر و به روز نمودن آنها بر اساس معیارها و پرتکلهای ملی و بین المللی.
• همکاری و تدوین دستورالعمل های استاندارد تشخیصی و الزامات مرتبط در حوزه مورد فعالیت.
• همکاری در تهیه بسته های آموزشی شامل جزوات، کتب، دستورالعمل ها و CD های آموزشی.
• همکاری در اجرای برنامه کنترل کیفی خارجی در صورت لزوم.
• همکاری در راه اندازی آزمایشگاه های همکار یا آزمایشگاه های مرجع دانشگاهی در قطب های کشور.
• ارائه مشاوره علمی جهت حل مشکلات مرتبط با فعالیت های این پایگاه در سراسر کشور.