در دور جدید فعالیت های مرکز، تفاهمنامه و زمینه همکاری مشترک با مراکز زیر در داخل کشور:

• مرکز مدیریت بیماری های واگیر وزارت بهداشت
• دانشگاه علوم پزشکی همدان
• دانشگاه علوم پزشکی کردستان
• دانشگاه علوم پزشکی لرستان
• دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی تهران
• دانشکده علوم دانشگاه ارومیه
• گروه تحقیقات جوندگان دانشگاه فردوسی مشهد
• مرکز تحقیقات بیماری های منتقله از ناقلین دانشگاه علوم پزشکی اردبیل
• انجمن علمی میکروب شناسی ایران
• انجمن علمی اپیدمیولوژیست های ایران
•  

فراهم شد و تفاهمنامه همکاری با مراکز بین المللی زیر منعقد شد:

• دانشگاه اسلو (نروژ)
• موسسه فردریش لوفلر (آلمان)
• موسسه تحقیقات پزشکی دامپزشکی مجارستان
• مرکز مدیریت بیماری های چین

و با مراکزی نظیر سازمان جهانی بهداشت، انستیتو پاستور ماداگاسکار، انستیتو پاستور پاریس، موزه ملی تاریخ طبیعی فرانسه، دانشگاه گونوبل فرانسه، موسسه پاتولوژی و زیست شناسی فرانسه، دانشگاه اومئو سوئد و دانشگاه کوجالی ترکیه همکاری مشترک تعریف شد.